食品科学技术学报201505 - page 47

D—低剂量组;Z— 中剂量组;G— 高剂量组;M— 模型组;P—正常
组;Y—阳性对照组
图 2摇 各组大鼠肠道菌群 16S rRNA V3
可变区 DGGE 图谱
Fig. 2摇 DGGE electropherogram of 16S rRNA V3
variable region of gut microflora in rats
度值可作为该条带所代表的微生物类群的丰度值,
图 3摇 DGGE 条带的 PCA 和 PLS鄄DA 分析
Fig. 3摇 Analysis of DGGE data using PCA and PLS鄄DA methods
归一化处理后得到其相对丰度。 不同泳道上相同位
置的条带视为相同的微生物类群 ,作为一个变量,最
终分析了 33 个不同位置条带,故有 33 个变量 。 样
品按行整理 ,指标(33 个菌群) 按列整理,得到了 16
伊 33 的数据矩阵。
采用 SIMCA 13郾 0 软件进行数据降维分析和可
视化呈现,尝试主成分分析法 ( PCA, principal com鄄
ponent analysis) 和偏最小二乘判别分析 ( PLS鄄DA,
partial least squares鄄discriminant analysis)。 运用 PCA
尝试发现反映事物主要特征的变量, 反应样品的特
征 ,解释实验现象 ;PLS鄄DA 利用现有的样本判别模
型 ,分析组间差异较小而组内差异较大的数据 ,消除
随机误差,有利于发现组间差异和差异条带 。 两种
模型分析结果如图 3。
图 3(a) 显示, 低剂量组、 阳性组和正常组较为
接近,高剂量组则和模型组较为接近 ,说明低剂量组
和阳性组肠道菌群有向正常转化的趋势。 图 3( b)
显示,模型组与正常组距离较远 ,说明高脂膳食确实
显著改变了肠道菌群 ;高剂量组与模型组距离较近,
说明高剂量组对肠道菌群影响不大; 低剂量组、正常
24 食品科学技术学报摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 2015 年 9 月